A finales del siglo XVIII, se refundieron en éste, los Colegios de Lugo, León y Aragón. Sufrió graves daños durante la invasión napoleónica, siendo incendiado en 1809 y sometido a diversos saqueos. En 1836, con el cierre de la Universidad Complutense Cisneriana, el edificio sirvió durante siete años, hasta 1843, como cuartel y academia militar. En 1847, fue restaurado para ser usado como Archivo, y en 1858, el Ayuntamiento de Madrid, remodeló el edificio para acoger el Asilo de San Bernardino. Finalmente, en 1983, se convirtió en Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad de Alcalá de Henares.
El Colegio de San Ciriaco y Santa Paula o de Málaga en Alcalá de Henares fue fundado en 1610 por Juan Alonso de Moscoso, obispo de Málaga y antiguo colegia de Alcalá, es uno de los mejores ejemplos de la arquitectura civil del barroco madrileño. Su arquitectura, desarrollada en torno a dos patios, se debe al arquitecto real Juan Gómez de Mora.
